Struktuur
ÜLDKOGU
on akadeemia kõrgeim juhtimisorgan, mille moodustab akadeemia liikmeskond. Üldkogu koosolek toimub kaks korda aastas.
JUHATUS
on akadeemia kollegiaalne juhtimisorgan üldkogu istungite vaheaegadel. Juhatusse kuuluvad akadeemia president, asepresidendid, peasekretär, osakondade juhatajad ja vabaliikmed.
vt http://www.akadeemia.ee/et/akadeemia/kontakt/juhatus/
OSAKONNAD
ühendavad Akadeemia vastava teadusvaldkonna akadeemikuid, välisliikmeid ja asutusi ning korraldavad Akadeemia ülesannete raames nende tegevust, tehes koostööd teiste sama valdkonna teadus- ja arendusasutuste ning teadusseltsidega. Akadeemia juures tegutseb neli osakonda: astronoomia ja füüsika osakond; informaatika ja tehnikateaduste osakond; bioloogia, geoloogia ja keemia osakond; humanitaar- ja sotsiaalteaduste osakond.
AKADEEMIA KIRJASTUSE AJAKIRJAD
vt http://www.kirj.ee/
ASUTUSED
Akadeemia juures võivad tegutseda asutused, millel on oma eelarve ning mille funktsioonid ja tegutsemise alused kehtestatakse asutuse põhimääruses. Akadeemia juures tegutsevad kaks asutust:
Underi ja Tuglase kirjanduskeskus
Teaduste Akadeemia kirjastus
KANTSELEI
korraldab akadeemia asjaajamist, finants- ja muud tegevust vastavalt üldkogu ja juhatuse otsustele. Kantselei tööd juhib peasekretär.